Snahy o zřízení muzea byly patrné již od konce předminulého století, ale nejaktivnější sběratelská činnost se soustředila k roku 1904, kdy byl vytvořen základ muzejních sbírek. 

Muzeum bylo slavnostně otevřeno 5. července 1905 v jedné místnosti školní budovy na dnešním Školním náměstí. Muzeum bylo spravováno kuratoriem, v jehož čele stál lékárník Kaulfus. 

Sbírkový fond se postupně rozrůstal, stávající prostory nestačily, a proto bylo muzeum v roce 1912 přestěhováno do přízemních místností radnice. V roce 1921 se sbírky stěhovaly opět do budovy na Školním náměstí, kde byly již v rámci možností tematicky uspořádány. Po roce 1927 byl nákupy vytvořen základ sbírky obrazů a muzejní fondy se rozrostly také o zemědělské oddělení. 

Během 2. světové války proběhla rekonstrukce židovské synagogy a byla zde roku 1943 instalována formou stálé expozice větší část sbírek. Bezprostředně po skončení války se snažila skupina nadšenců o zřízení Okresního muzea v Hranicích. Tato snaha byla krátce naplněna v padesátých letech. 

V rámci územněsprávních změn v šedesátých letech přešly sbírky hranického muzea do správy Okresního vlastivědného ústavu v Přerově, dnes Muzea Komenského. Pro výše uvedený nevyhovující stav sbírek v Hranicích došlo k jejich převozu do depozitářů v Přerově, Tovačově a Kojetíně. 

Na přelomu šedesátých a sedmdesátých let byl původně jednolitý sbírkový fond rozdělen na jednotlivé dnešní fondy. Synagoga nadále sloužila jako výstavní prostor muzea a v roce 1974 zde byla instalována monotematická expozice fajánse a keramiky. 

Devadesátá léta znamenají renesanci hranického muzea. V roce 1993 byla na město přenesena pravomoc zřizovat muzeum a město poté požádalo ministerstvo kultury o převedení muzejních sbírkových fondů z majetku státu do majetku města. Po schválení převodu bylo městským zastupitelstvem zřízeno k 1. lednu 1994 Městské muzeum a galerie jako samostatný právní subjekt. Během roku 1994 byly převezeny z depozitářů Muzea Komenského zpět do Hranic všechny sbírkové fondy.

K 31.12.2014 Městské muzeum a galerie v Hranicích, p.o jako samostatný právní subjekt zaniklo a od 1.1.2015 po sloučení s městskou knihovnou a městským kulturním zařízením se stalo součástí příspěvkové organizace Městská kulturní zařízení Hranice.